Asal mula berdirinya Pengadilan Negeri Palu tidak terlepas dari sejarah panjang perkembangan pemerintahan di Sulawesi Tengah. Sekitar tahun 1942, saat pasukan Sekutu dan Jepang menghancurkan Ibu Kota Afdeling Donggala, pusat pemerintahan kemudian dipindahkan ke Kota Palu pada tahun 1950.

Berdasarkan Undang-Undang Darurat Nomor 1 Drt Tahun 1951 tentang Tindakan Sementara untuk Menyelenggarakan Kesatuan Susunan Kekuasaan dan Acara Pengadilan Sipil, maka Pengadilan Swapraja (Zelfbestuursrechtspraak) dihapus di seluruh wilayah Republik Indonesia. Seiring dengan itu, dibentuk Pengadilan Tinggi Makassar yang membawahi seluruh pengadilan negeri di wilayah Sulawesi, termasuk Pengadilan Negeri Donggala.

Pengadilan Negeri Donggala pada awalnya berkantor di rumah Bapak Yunus di Jalan Sungai Gumbasa, dengan tempat sidang tetap (zitting plaatsen) di Donggala, Poso, Toli-Toli, dan Luwuk. Pada tahun 1953, pengadilan berpindah ke Kantor Swapraja, lalu pada tahun 1954 menempati Kantor Besar di Jalan Ahmad Dahlan, dan tahun berikutnya berkantor di rumah Bapak Yoto Djanggola.

Seiring perkembangan wilayah hukum, melalui Undang-Undang Nomor 12 Tahun 1968, wilayah kerja Pengadilan Tinggi Manado mencakup Pengadilan Negeri Tondano, Kotamobagu, Tahuna, Gorontalo, Limboto, Donggala, Poso, Toli-Toli, dan Luwuk.

Ketika Kota Palu resmi menjadi Kota Administratif pada tanggal 27 September 1978, maka pada tahun 1981 Pengadilan Negeri Donggala secara resmi berubah menjadi Pengadilan Negeri Palu, dengan ketua pertama Bapak W.J. Winardi, S.H..
Berdasarkan Undang-Undang Nomor 18 Tahun 1982 tentang Pembentukan Pengadilan Tinggi Sulawesi Tengah di Palu, wilayah hukum Pengadilan Tinggi Sulawesi Tengah meliputi empat pengadilan negeri, yaitu Palu, Poso, Luwuk, dan Toli-Toli. Saat itu, Pengadilan Negeri Palu yang dipimpin oleh Bapak Soeroto, S.H. memiliki tempat sidang (zitting plaatsen) di Donggala dan Parigi.

Pada tahun 1957, Pengadilan Negeri Palu memperoleh tanah hibah dan bangunan dari Pemerintah Daerah di Jalan Matahari (kini Jalan Gatot Subroto No. 40). Selanjutnya, dalam Proyek Pelita III Tahun 1979/1980, dibangun gedung baru di atas lahan seluas 14.800 m² di Jalan Dr. Sam Ratulangi No. 46 Palu, yang menjadi kantor Pengadilan Negeri Palu hingga saat ini.

Sesuai Keputusan Presiden RI Nomor 97 Tahun 2004, wilayah Donggala dikeluarkan dari yurisdiksi Pengadilan Negeri Palu setelah berdirinya Pengadilan Negeri Donggala. Kemudian, melalui Keputusan Presiden RI Nomor 3 Tahun 2008, dibentuk Pengadilan Negeri Parigi, sehingga wilayah Kabupaten Parigi Moutong juga tidak lagi termasuk dalam wilayah hukum Pengadilan Negeri Palu.

Sebagai pengadilan yang terus berkembang, Pengadilan Negeri Palu juga menaungi Pengadilan Hubungan Industrial (PHI) berdasarkan Undang-Undang Nomor 2 Tahun 2004 serta Pengadilan Tindak Pidana Korupsi (Tipikor) berdasarkan Undang-Undang Nomor 46 Tahun 2009.
Pada tanggal 20 Oktober 2011, Ketua Mahkamah Agung Harifin Tumpa secara simbolis meresmikan operasionalisasi 15 Pengadilan Tipikor daerah, termasuk Pengadilan Tipikor Palu.

Berdasarkan catatan sejarah sejak tahun 1981 sampai sekarang Pengadilan Negeri Palu telah diketuai oleh :

1.   W.J. Winardi, SH

2.   Moh. Sanusi, SH

3.   Soeroto, SH

4.   James Pardede, SH

5.   Supartomo, SH

6.   Mardjijo, SH

7.   H. Djufri Baidjuri, SH

8.   Parluhutan Siregar, SH

9.   Suwardi, SH

10.  Sudarmo, SH

11.  Ahmad Iswandi, SH

12.  H. Abdul Rachim, SH

13.  Faturrahman, SH

14.  Hari Almusahadi, SH. (Tahun 2009 - 2010)

15.  Heru Pramono, SH.,M.Hum. (Tahun 2010 - 2011)

16.  H. Erwan Munawar, SH., MH. (Tahun 2011 - 2014)

17. I Wayan Karya, SH., M.Hum. (Tahun 2014-2015)

18. Sutarto, SH., M.Hum (Tahun 2015 - 2016)

19. Sutaji, SH., MH. (Tahun 2016 - 2017)

20. Ahmad Yasin, S.H., M.H. (Tahun 2017 - 2019)

21. Hj. Sukmawati, S.H., M.H. (Tahun 2019 - 2020)

22. Marliyus M.S., S.H., M.H. (Tahun 2020 - 2021)

23. Dr. Johanis Hehamony, S.H.,M.H. (Tahun 2022 - 2023)

24. Chairil Anwar, S.H., M.Hum. (Tahun 2023 s/d 3 Juni 2025)

25. H. Budi Winata, S.H., M.H., (3 Juni 2025 s/d Oktober 2025)

26. I Wayan Sukradana, S.H., M.H. (3 November 2025 s/d Sekarang)

	Nama : H. Budi Winata, S.H., M.H.
	Nama : I Wayan Sukradana, S.H., M.H.